Integration von Ruine und moderner Architektur:

1992 bis 1995 entstand in den Ruinen der 1943 zerstörten Großen Kirche der Neubau für die Johannes a Lasco Bibliothek. Als Grundprinzip der Planung unterwarf der Architekt Prof. Dipl.-Ing. Jochen Bunse die moderne, den Funktionen und Aufgaben eines Bibliotheksbaus entsprechende Konstruktion konsequent der Ausstrahlung der Kirchenruine. Der historischen Bausubstanz wurde die moderne Architektur nachgeordnet. Dieses Prinzip entspricht der Bedeutung des alten Buchbestands für die Bibliothek. Es entstand ein offenes Nebeneinander von Altem und Modernem, das zueinander in Korrespondenz tritt. Bunse schloss den erhaltenen dreischiffigen Chorbereich der ehemaligen Großen Kirche durch ein neues durchgehendes Querschiff im Westen ab. Mehrere Nutzungsebenen schieben sich wie ein Regalsystem in die Ruine hinein. In das südliche Seitenschiff ragen Büroräume in zurückhaltender, moderner Industriearchitektur hinein. Schlichte Funktionalität und Sachlichkeit prägen das gesamte moderne Inventar der Bibliothek von den Bücherregalen bis hin zu den Stühlen.
Der Neubau ist statisch unabhängig von der Ruine. Verbunden sind beide Teile nur im Aufbau des Daches, das auf den mit einem Ringbalken verstärkten Traufen aufliegt. Dipl.-Ing. Detlef Böttcher führte den Dachstuhl als offene Stahlbinderkonstruktion aus, die die Höhe des Raumes von 19 Meter voll zur Geltung kommen lässt. Ein statisch stabilisierendes, filigran eingezogenes Rundeisengeflecht ruft die Form der gedrückten Holztonnenkonstruktion in Erinnerung, die die Große Kirche vor ihrer Zerstörung besaß. Auch im Fußboden aus hennegauischem Grau- bzw. Blaustein verbindet sich Modernes mit Altem. Ganz anders sahen jedoch früher die Wände der Kirche aus, deren roter Backstein heute den Raum prägt. Diese Wände waren ursprünglich verputzt und bemalt. Sie wurden im Zuge der Reformation weiß gekalkt. Neben der rohen Wand aus Backstein prägen drei große Kronleuchter aus Messing den zentralen Bibliotheksraum mit. Sie stammen von Gottlieb Franke, der sie für die Emder Gemeinde 1779 aus dem Erlös eines Glockenverkaufs herstellte. Während des Zweiten Weltkrieges ausgelagert, hingen die Leuchter bis 1995 in der Neuen Kirche in Emden und in der Kirche in Larrelt.

Von dem Aussehen der Großen Kirche vor ihrer Zerstörung vermittelt das Gemälde "Innenraum der Großen Kirche" von Adolf Fischer-Gurig einen guten Eindruck. Es zeigt den westlichen Teil der Großen Kirche, der 1943 völlig zerstört wurde. Zu sehen sind das Holztonnengewölbe, die weiß gekalkten Wände, einer der drei Messingleuchter, dahinter die nicht erhaltene, aus dem Erlös des Glockenverkaufs 1779 erworbene Orgel von Johannes Friedrich Wenthin sowie der mit Grabplatten ausgelegte Gang zwischen den Sitzbänken aus Holz.
Archäologische Grabungen, die die Stadt Emden vor dem Neubau 1990/91 im Bereich der Großen Kirche durchführen ließ, legen nahe, dass bis zur Zerstörung der Kirche insgesamt elf Bauphasen unterschieden werden können. Hinter dem Prallhang der Ems entstanden zwischen heutiger Pelzer- und Schulstraße im 9. Jahrhundert die ersten Häuser einer Handelssiedlung auf einer bis zu sechs Meter hohen Warf mit einem Hafen im Mündungsbereich der Ehe, dem heutigen Ratsdelft. Zu der Siedlung gehörte wohl von Anfang an ein westlich gelegenes Bestattungsfeld. Es war auf einer eigenen Warf angelegt und mit einer kleinen Holzkirche versehen. Lediglich eine ausgegrabene Kreuzscheibenfibel aus der 2. Hälfte des 9. Jahrhunderts zeugt von dieser frühen Nutzung. Die Reste zweier massiver, über 400 Kilogramm schwerer Eichenpfosten, die sich mit Hilfe dendrochronologischer Untersuchungen auf das Jahr 966 datieren lassen, sind Bestandteil einer jüngeren Holzkirche, die parallel mit der Vergrößerung Emdens entstand, als sich die Bebauung verdichtete und sich die Siedlung nach Norden ausdehnte.
Erst um 1200 wurde die Holzkirche durch einen gemauerten, zunächst einschiffigen Backsteinbau mit Westturm ersetzt, dessen ehemaliger Chorbereich zwischen modernem Querbau und der Schweizer Kirche anzusiedeln ist. Das Gebäude wurde nach und nach umgestaltet zu einer dreischiffigen Hallenkirche. Den vermutlich 1403 in einer Sturmflut beschädigten Turm baute man an der Nordseite der Kirche wieder auf. Von diesen Bauphasen der Kirche sind nur noch wenige Reste erhalten. Auch der heutige Nordturm, dessen Spitze ganz Emden überragt, ist kein Produkt jener Zeit, sondern Ergebnis eines Turmneubaus im Jahr 1861 an alter Stelle. Der Turm wurde im Zweiten Weltkrieg beschädigt, sein Helm in den 60er-Jahren in anderer Gestalt wieder aufgebaut.
Bereits 1948 hatten befreundete reformierte Gemeinden aus der Schweiz Geld zum Bau einer Notkirche zur Verfügung gestellt, die im Westen anstelle der ausgeräumten Kirchenruine errichtet wurde. Der Gottesdienst war damit gesichert, ein kompletter Wiederaufbau der Großen Kirche aber unmöglich geworden. Ihre heute noch sichtbaren Teile in der Bibliothek sind das Ergebnis mehrerer Erweiterungsbauten im 15. und 16. Jahrhundert. Ulrich Cirksena, Häuptling in Greetsiel und hamburgischer Amtmann in Emden, ließ 1455 den Ostchor um zwei Joche verlängern. Er setzte damit ein Zeichen dafür, dass er den Hamburgern die selbstständige Herrschaft über die Stadt Emden abgetrotzt hatte. Noch vor Beginn des 16. Jahrhunderts ließen seine Nachfolger an den Chor im Norden und im Süden Kapellen anbauen, die dann zusammen mit dem Chor nach Osten hin um weitere zwei Joche erweitert wurden. Die Auswirkungen dieser ständigen An- und Umbauten sind noch zu erkennen: Die beiden letzten Bögen sind deutlich niedriger als die anderen, der Sockelbereich ist unterschiedlich gestaltet. Im nördlichen Chor entstanden Trauchor und Sakristei, im südlichen die Herrengruft der Grafen in Ostfriesland, zu denen die Cirksena 1464 aufstiegen. Diese Seitenchöre wurden um 1516/17 vom Hauptchor und vom Hochaltar mit einem zierlichen Maßwerkgitter aus Sandstein abgetrennt. Diese Gitter sind zerstört, ihre Ansätze in den unteren Bereichen der spätgotischen Spitzbögen aber noch deutlich zu sehen.